En mayo de 1493, el pontífice Alejandro VI señaló la manera en la cual España y Portugal se iban a repartir los terrenos descubiertos. “Os requerimos [que] queris y debáis con ánimo pronto y celo de verdadera fé, inducir los pueblos que vivan en tales islas y tierras a que reciban la religión cristiana.” Luego concedió los territorios a cien leguas hacia el occidente de las Azores y el Cabo Verde, al mismo tiempo que les mandó “en virtud de santa obediencia… procuráis enviar a dichas tierras firmes e islas, hombres buenos, temerosos de Dios, doctos, sabios y expertos, para que instruyan a los susodichos naturales y moradores en la fe católica y les enseñen buenas costumbres.
La concesión que obligó a España a evangelizar a los naturales del Nuevo Mundo fue conocida como los justos títulos. La enseñanza a los nativos de la religión y de buenas costumbres era la condición que justificaba la concesión a la monarquía española de los territorios occidentales. Así la educación indígena estaba ligada al derecho de España de dominar las nuevas tierras, porque debido a esta tarea evangelizadora ostentaban los justos títulos a las posesiones americanas.
De esta manera, la Corona asignó dinero y hombres a la educación de los indígenas durante la época colonial. Fue la iglesia católica la responsable de la educación de los naturales, los frailes, los franciscanos, dominicos y agustinos, dirigían las parroquias de los indios, llamadas doctrinas, y se encargaban de la evangelización y de la enseñanza. Sostenidos principalmente por el gobierno español, las órdenes religiosas utilizaron métodos que ya conocían y los adaptaron para transmitir los conocimientos religiosos— pinturas, catecismos con dibujos en vez de palabras, danza, teatro y música (métodos audiovisuales), además de enseñar las artes, oficios y fundar colegios de internados para indígenas durante el siglo XVI: los franciscanos en Tlatelolco, los jesuitas en Pátzcuaro, Tepozotlán y el colegio de San Gregorio en la ciudad de México.
Los franciscanos fueron los primeros frailes en arribar a la Nueva España entre los años de 1523 y 1536. Su preocupación principal fue la de evangelizar a los nativos de estos nuevos territorios, por lo que su primera acción fue la de aprender la lengua de los naturales.
